Ker se v minuli sezoni nogometašem Mure ni uspelo uvrstiti v enotno slovensko ligo, so v sezoni 1940/1941 tekmovali v I. razredu mariborske skupine vzhod. V tej skupini so tekmovali še Lendava, Ptuj in Drava. Mura je brez izgubljene tekme postala jesenski prvak. Spomladanski del zaradi napada Nemčije na Jugoslavijo ni bil nikoli odigran. Mura je bila na dobri poti k osvojitvi prvega mesta in kvalifikacijam za enotno slovensko ligo.
Zadnja tekma, ki so jo črno-beli odigrali je bila 30. marca 1941 proti ptujski Dravi. To je bila tekma 2. kroga pokala SNZ, ki jo je Mura na Ptuju dobila z 0:12. Zaradi nepredvidljivih razmer je Mura v celi sezoni igrala le 7 tekem, od tega 3 prvenstvene, 2 pokalni in 2 prijateljski tekmi. Po več kot treh letih je bil znova odigran prvenstveni prekmurski derbi, na katerem je Mura dosegla najvišjo zmago sezone 10:1.
V tej sezoni je Mura povsem pomladila svoje moštvo, kar je bila posledica načrtnega dela z mladimi v preteklih sezonah, na to odločitev pa so vplivale še nepredvidljive razmere v Jugoslaviji. Trener je še vedno bil Vladimir Kukanja, črno-beli dres pa so med drugim nosili: Jože Bosina, Štefan Čagran, Ljubomir Deškovič, Jože Gerenčer, Koloman Gomboši, Slavko Jandl, Ervin Kerčmar, Ernest Koch, Franc Kološa, Ludvik Krančič, Dušan Krstić, Vladimir Kukanja, Andrej Malačič, Rudolf Pevec, Franc Schrimpf, Viljem Spitzer in Dušan Veble. Pred pričetkom spomladanskega dela sezone je Mura ustanovila subjuniorsko sekcijo nogometašev, starih od 10 do 15 let. Trener teh naraščajnikov je bil Štefan Čagran.
Občni zbor Mure je bil 1. marca 1941, na njem pa so člani za predsednika znova izvolili Josipa Lipiča. Klub je imel 110 rednih, 21 podpornih in 166 izvršujočih članov. Denarni promet je znašal 60.838, pribitek pa 7799 dinarjev. Zraven nogometa je Mura gojila še plavanje, tenis, table tenis, šah, imela pa je še godbeno sekcijo. Klub je ustanovil tudi damsko sekcijo, ki je nazadnje delovala v zgodnjih tridesetih letih, ko je klub še gojil hazeno.
Zaradi nepredvidljivih razmer je klub opustil večino družabnih dogodkov. Mura je 16 let zapored pripravljala športni ples, ki v tej sezoni prvič ni bil organiziran. Na pustni torek 1941 je izšla tretja številka humorističnega časopisa Düplin.
