Sezona 1944/45 je bila zadnja, ki jo je Mura preživela pod madžarsko oblastjo. Zaradi vojne je bila predčasno končana, saj je bil odigran le del jesenskega dela. Z osvojenim drugim mestom v minuli sezoni si je Mura priborila tekmovanje v tretji madžarski ligi (NB III), vendar je bila liga zaradi vojnih razmer reorganizirana. Muraši so tekmovali v drugi ligi severnopodonavskega okrožja, kjer so med drugim tekmovali še Haladas, Tatabanyai, Gyori ETO in Zalaegerszegi. Po predčasno prekinjenem prvenstvu so med štirinajstimi ekipami osvojili deveto mesto. Nekaj časa je tekmovala tudi druga ekipa, vendar je bilo tudi tam prvenstvo predčasno prekinjeno.
Črno-beli so odigrali pet prvenstvenih tekem, razplet treh tekem pa je bil določen za zeleno mizo. Zaradi vojnih razmer ekipe pogosto niso potovale na tekme. Pred prvenstvom so odigrali še dve pripravljalni tekmi in eno pokalno.
Za prvo ekipo so vsaj en nastop zabeležili: Bencik II, Ladislav Bencik, Ljubomir Deškovič, Milan Deškovič, Dömötör, Štefan Drapos, Hamori, Kerselits, Kiss, Ciril Klajnšček, Stanko Klepec, Vladimir Kukanja, Josip Matuš, Ösze in Emil Zambo. V tej sezoni veliko igralcev iz preteklih let ni igralo.
Ker so bili med soboškimi športniki tudi organizatorji Osvobodilne fronte, so bili mnogi med njimi aretirani in odpeljani v koncentracijska tabornišča, od koder se nekateri niso več vrnili. Že leta 1941 sta bila v Murski Soboti obešena plavalec Cvetko in nogometaš Kardoš. Leta 1943 je bil odpeljan v zapor vratar Slavko Jandl, aretirani pa so bili Čagran, brata Deškovič, Vadnal in drugi. Poleg teh je pri Muri bilo več naprednih mladincev, ki so bili zaradi svojega delovanja prav tako preganjani. Med temi so bili Mesarič, Tručl, Šerbec, Rusanov, Hradil, Ferjan in drugi. V sezoni 1944/45 je igralo precej igralcev iz Madžarske.
Zraven vojne sta sezono zaznamovala še dva dogodka - tabor za mlade nogometaše in odprtje novih slačilnic. To se je zgodilo 30. julija 1944. Občnega zbora to leto ni bilo, tako da je predsednik še vedno ostal Josip oz. Jože Lipič.
