V sezoni 1948/49 je Sobota tekmovala v I. razredu slovenske nogometne lige, ki je štela osem članov - Železničar Ljubljana, Rudar Trbovlje, Branik, Nafta, Železničar Maribor, Korotan Kranj, Sobota in Kladivar. Sobočani so na koncu osvojili sedmo mesto in se uspeli obdržati v najvišjem rangu slovenskega nogometa. Zraven prvenstvenih je Sobota odigrala še precej prijateljskih tekem. V Murski Soboti je prvič gostoval Slaven iz Koprivnice, ki ga je Sobota premagala s 3:1. V Murski Soboti je gostovala še sindikalna reprezentanca Splita.
Sobočani so igrali v pokalu FLRJ, ki ga bolj poznamo kot pokal maršala Tita. V slovenskem polfinalu so gostili garnizijo Kranj in izpadli iz nadaljnjega tekmovanja. NZS je med zimskim premorom prvič organizirala zimski pokal NZS, v katerem se je Sobota prebila v finale. Na stadionu Železničarja v Mariboru je igrala proti Rudarju iz Trbovelj in po napeti tekmi izgubila z 1:2.
Jugoslovanska nogometna zveza se je v tem letu odločila za reorganizacijo tekmovanja, ki ni bilo več razdeljeno na jesenski in spomladanski del. Od sezone 1950 naprej je namreč tekmovanje potekalo v koledarskem letu. Zaradi tega se je sezona 1948/49 zavlekla vse do decembra 1949. Jeseni leta 1949 je Sobota znova igrala v slovenskem delu pokala maršala Tita in prišla vse do finala v katerem je s 4:1 izgubila z Branikom in se ji ni uspelo uvrstiti na jugoslovanski nivo.
Zraven prvega moštva je imela Sobota še drugo in mladinsko moštvo. Drugo moštvo je tekmovalo v Murskosoboški skupini nogometnega prvenstva, mladinsko pa je igralo tekme z vrstniki iz I. skupine slovenskega nogometnega prvenstva.
V tej sezoni so barve Sobote med drugim branili: Mirko Babič, Bažika, Cvetič, Karel Fujs, Janez Horvat, Ciril Klajnšček, Stanko Klepec, Feri Kološa, Franc Kološa, Josip Matuš, Ludvik Norčič ml., Štefan Aki Norčič, Alojz Režonja, Franc Sečko, Karel Šoštarec, Jurij Vrtarič, Feri Zelko in Žižek.
Osemnajstega januarja 1949 je bila na rednem občnem zboru ustanovljena SŠD Sobota, ki je nasledila ŠD Soboto. Predsednik je ostal Milan Šušteršič. Zraven nogometa so pod okriljem društva delovale še sledeče sekcije: smučarska, atletska, namiznoteniška, plavalna, kolesarska, kegljaška in sekcija za športne igre. Nogometna sekcija je kot najbolj disciplinirano moštvo v Sloveniji prejela 10.000 dinarjev nagrade.
Maja 1948 je bila ustanovljena Nogometna zveza Slovenije, v upravni odbor pa je bil izvoljen predstavnik Sobote Vladimir Kukanja. Dolgoletni igralec Mure je po drugi svetovni vojni postal sodnik, marca 1949 pa je za svoje delo prejel priznanje NZS.
