V sezoni 1938/1939 je Mura drugo leto zapored tekmovala v I. razredu mariborske skupine in z desetimi točkami zasedla četrto mesto. Črno-belim se ni uspelo uvrstiti v nadaljnje tekmovanje za podzveznega prvaka, kamor so vodila prva tri mesta. Zraven Mure so v ligi tekmovali še Čakovečki, Železničar Maribor, I.SSK Maribor, Rapid in Slavija.
Mura je odigrala 10 prvenstvenih, 19 prijateljskih in 1 pokalno tekmo. Večina prvenstvenih tekem je bila odigrana jeseni 1938. Ljubljanska nogometna podzveza je uvedla novo tekmovanje in sicer pokal LNP. Cilj tekmovanja je bil povečati popularnost nogometa in dohodke klubov. Mura je v 1. krogu pokala v Murski Soboti premagala prvaka mariborskega okrožja Čakovečki. Zaradi prvenstvenih tekem je bil naslednji krog odigran šele junija 1939. V tej sezoni se je Mura prvič pomerila s Hrastnikom in Olimpom iz Celja.
Muro je v tej sezoni vodil Vladimir Kukanja, ki je bil obenem tudi igralec. Črno-beli dres so med drugim nosili: Jože Bosina, Bukvič, Štefan Čagran, Pavel Čebulj, Ljubomir Deškovič, Miloš Eržen, Herman Flesch, Ivan Hojer, Slavko Jandl, Vincenc Jug, Nikola Kapetanović, Ernest Koch, Ludvik Krančič, Dušan Krstič, Vladimir Kukanja, Igor Kukovec, Pavel Makra, Josip Matuš, Ludvik Merič, Rudolf Pevec, Franc Schrimpf, Drago Starc, Ivan Sušnik, Zdenko Šonaja, Josip Videnšek in Žibrik.
Občni zbor kluba je bil 24. marca 1939, na njem pa ni prišlo do večjih sprememb v vodstvu kluba. Predsednik je še naprej ostal Josip Lipič, podpredsednika pa Slavko Vutkovič in Koloman Hirschl. Načelnik nogometne sekcije je bil Janez Nemec. Na občnem zboru je Mura reorganizirala svoje sekcije. Zraven nogometne je bil klub zelo aktiven tudi v šahu, sabljanju, tenisu, table tenisu in plavanju.
Na začetku leta 1939 se je klub pripravljal na dve pomembni obletnici in sicer 20-letnico priključitve Prekmurja matični državi ter 15-letnico ustanovitve kluba. Prireditve so bile poleti 1939. Klub je znova pripravil čajanke, tradicionalni športni ples, šahovske simultanke, klubsko table tenis prvenstvo in več ostalih dogodkov.
Vodstvo kluba je maja 1939 znižalo cene vstopnic za ogled tekem Mure, saj so želeli doseči, da bi tekmam prisostvovali različni sloji prebivalstva, tudi najrevnejši.
