V sezoni 1958/59 je bila znova uvedena enotna slovenska liga, ki se je imenovala slovenska conska liga oz. tudi slovenska republiška liga. Po I. in II. zvezni ligi je to bil tretji nivo tekmovanja na področju Jugoslavije. Sobota je med dvanajstimi moštvi zasedla sedmo mesto. Odigrali so še sedem prijateljskih oz. pripravljalnih tekem, večinoma s klubi iz bližnjih krajev, kot so Drava, Branik in Nafta. Tretjega in četrtega julija so se udeležili tretjega tradicionalnega turnirja v počastitev dneva rudarjev, ki je potekal v organizaciji lendavske Nafte. Z dvema zmagama so osvojili prvo mesto. Tekmovali so tudi v pokalu maršala Tita v katerem so se poslovili po dveh tekmah. Najprej so izločili Nafto nato pa klonili proti drugi ekipi Branika.
Za moštvo Sobote je v tej sezoni igralo 22 nogometašev in sicer: Mirko Babič, Stevo Dozet, Alojz Drvarič, Ivo Đurinek, Adi Erjavec, Ciril Klajnšček, Bela Kodela, Feri Kološa, Silvo Martinuzzi, Franc Matjašec, Franc Maučec, Moco Milenković, Štefan Morčič, Jože Norčič, Ludvik Norčič, Boris Potočnik, Jože Rantaša, Janez Sečko, Bojan Skalar, Anton Šarotar, Alojz Zach in Feri Zelko. Sobota ni imela stalnega trenerja, temveč je moštvo treniral igralec Feri Zelko. Najboljši strelec moštva je bil Feri Maučec, ki je s 35. zadetki postal tudi najboljši strelec lige. Devet zadetkov je prispeval še Moco Milenković.
V tej sezoni je debitiralo kar nekaj igralcev, in sicer Ivo Đurinek, Silvo Martinuzzi, Boris Potočnik, Jože Rantaša in Anton Šarotar.
Zraven prvega moštva je imela Sobota še drugo, mladinsko in pionirsko moštvo. Mladino in pionirje je treniral Evgen Titan. Mladinci so tekmovali v mariborski nogometni podzvezi in med štirimi moštvi zasedli tretje mesto.
Klub je imel 380 članov od tega 72 aktivnih. Predsednik kluba je bil Ernest Hoyer, sekretar pa Vlado Cvetko. Klub je znova izvedel priljubljeno in dobro obiskano tombolo. Člani kluba so prvič razpravljali o obnovi dotrajane zelenice.