Sezona 1968/69 je bila za Muro zgodovinska. Prvič so zaigrali na zveznem nivoju, saj so se z drugim mestom v SNL uvrstili v II. zvezno ligo zahod. Na začetku je bilo ogromno polemik, največji strah pa so predstavljale finance. S pomočjo lokalnih podjetij, občine in nogometnih zanesenjakov so sprejeli igranje v šetnajstčlanski ligi. Nasprotnike iz Slovenije so čez noč zamenjali klubi iz Pule, Splita, Zadra, Šibenika, Rijeke, Zagreba in tako dalje. Mura je bila vse do zadnjega kroga v igri za obstanek. Na koncu je pristala na trinajstem mestu in nesrečno izpadla v slovensko ligo. Izpasti bi morali zadnji trije, ker pa je iz prve lige izpadla Rijeka, so se morali posloviti zadnji štirje. Na roko jim ni šla niti neuvrstitev Orijenta in Borca v prvo zvezno ligo, ki sta kot prvouvrščeni ekipi igrala kvalifikacije.
Muraši so odigrali 30 prvenstvenih tekem, 24 pripravljalnih in 3 pokalne. V pripravljalnem obdobju je v Murski Soboti po dolgem času gostoval madžarski Zalaegerszeg. Septembra se je v Murski Soboti mudila italijanska ekipa Hellade Verona, februarja 1969 pa zvezni prvoligaš Zagreb, s katerim so črno-beli remizirali 3:3. V pokalnem tekmovanju so se uvrstili v slovenski polfinale, kjer jih je s 3:2 premagal Maribor. Pred tem so izločili Aluminij in Steklar.
Muro so v tej sezoni okrepili igralci iz Maribora, sicer Bračič, Urek, Tolić in Karmel. Ob koncu prejšne sezone je kopačke na klin obesil Feri Maučec, vendar se je v spomladanskem delu vrnil in zaigral na osmih tekmah in dosegel tudi en zadetek. Jeseni je ekipo treniral Slavko Kodrnja, spomladi pa Dušan Rukavina. Igrali so: Rudolf Bračič, Franc Erniša, Jože Horvat, Franjo Jandl, Jože Karmel, Stanko Klepec, Milan Koblencer, Ljubomir Kološa, Štefan Kozar, Vladimir Kukanja, Franc Maučec, Emil Miloševič, Alojz Pihler, Anton Puškarič, Ludvik rebrica, Anton Satler, janez Sečko, Anton Šarotar, Zlatko Tkalčec, Štefan Tolić, Kostja Urek in Vladimir Vrdjuka. Kapetan je bil Tolić. Največ nastopov so zbrali Anton Slatler (33), Štefan Tolić (31) in Zlatko Tkalčec (30). najboljši strelec je bil Kostja Ure, ki je v vseh tekmovanjih dosegel 19 zadetkov, v prvenstvu pa 16. Šestnajst zadetkov je dosegel tudi Kukanja, od tega 13 v prvenstvu.
Mura je imela tudi drugo moštvo, ki je tekmovalo v Pomurski nogometni ligi. Igrala je izven konkurence, kar pomeni, da se njeni rezultati niso šteli v skupno razvrstitev. Običajno je igrala predtekme prvi ekipi.
Predsednik kluba je bil Ernest Hoyer, sekretar pa Štefan Gorički.
