Po letih krčenja števila prvoligašev (ko govorimo o prvenstvih samostojne Slovenije), je bila sezona 1998/1999 prva v kateri so ligo razširili in sicer iz deset na dvanajst klubov. Posledično se je zmanjšalo število prvenstvenih tekem in sicer iz 36 na 33. Kot so ugotavljali poročevalci in spremljevalci nogometa, se je kvaliteta prve lige začela zmanjševati, tudi na račun večjega števila "drugoligaških" klubov v prvi ligi. V ozadju je takrat potekal še en boj, boj med NZS in Združenjem klubov prve lige, ki je želelo prevzeti vodenje tekmovanja.

Po jesenskem delu sezone 1998/1999 je Mura zasedala tretje mesto, takoj za jesenskimi prvaki Hit Gorico in Mariborom Teatanicom. Mura je bila po obisku tekem na tretjem mestu (za Mariborom in Koprom), s povprečjem 2063 gledalcev na tekmo. Zanimivo je, da so sodniki največ enajstmetrovk v jesenskem delu dosodili ravno Muri in sicer štiri. Tri je izkoristil Dean Baranja, eno pa Marinko Galič. Dean Baranja je bil na koncu, po mnenju Dela in PopTV-ja, izbran v idealno enajsterico jeseni.

V jesenskem delu je Muro s klopi vodil Milan Koblencer.