Sezona 1939/1940 je prinesla tretje zaporedno tekmovanje Mure na najvišjem nivoju. Črno-beli so tekmovali v I. razredu mariborske skupine in na koncu zasedli 4. mesto. Mura je tekmovala skupaj s Čakovečkim, Železničarjem, I.SSK Mariborom, Rapidom in Građanskim iz Čakovca. Muri se ni uspelo uvrstiti v enotno slovensko ligo, ki se bo igrala v sezoni 1940/1941 in bo še naprej nastopala v I. razredu mariborske podzveze. Leta 1939 je bila ustanovljena Slovenska nogometna zveza in Mariborska podzveza, kateri je pripadala Mura.
Mura je odigrala 20 tekem, 10 prvenstvenih, 3 pokalne in 7 prijateljskih. Ena prvenstvena tekma z Rapidom v Murski Soboti je bila razveljavljena in se je štela kot prijateljska tekma. Prvenstvo v spomladanskem delu sezone se je začelo zelo pozno, 7. aprila 1940, Mura pa ga je pričela z le dvema treningoma. Leta 1940 je v Murski Soboti vladala huda zima, zmrnila je celo reka Mura, igrišče na Fazaneriji pa je bilo dolgo časa pod vodo.
V tem letu je Mura praznovala 15 let obstoja, kar je s športnimi prireditvami proslavila 13. avgusta 1939. Pripravila je teniški turnir, plavanje in dve nogometni tekmi. Rezervna ekipa Mure se je pomerila z reprezentanco Prlekije v kateri so bili igralci iz Ljutomera, G. Radgone in Ormoža. Prva ekipa je igrala proti kombinirani ekipi SK Ljubljana.
Trener Mure v tej sezoni je bil Vladimir Kukanja, ki je bil obenem tudi igralec. Za Muro so med drugim igrali: Jože Bosina, Bukvič, Štefan Čagran, Pavel Čebulj, Ljubomir Deškovič, Koloman Gomboši, Friderik Haus, Slavko Jandl, Ervin Kerčmar, Ludvik Krančič, Vladimir Kukanja, Andrej Malačič, Franc Schrimpf, Zdenko Šonaja in Žibrik.
Občni zbor kluba je bil 24. februarja 1940, na njem pa ni prišlo do večjih sprememb. Predsednik je znova postal Josip Lipič, podpredsednika pa Slavko Vutkovič in Koloman Hirschl. Nogometno sekcijo so vodili Josip Zrim, Zvonko Hočevar in Janez Nemec. Zraven nogometa so aktivno delovale še lahkoatletska, tenis, table tenis, zimskošportna, šahovska, plavalna, kolesarska, godbena in sabljaška sekcija.
Klub je pripravil množico prireditev. Julija 1939 je priredil tretjo tombolo, izdal je časopis Düplin, pripravil je 16. športni ples, organiziral šahovske in teniške prireditve, priredil smučarske tekme, organiziral avtomobilske izlete ipd.
V tej sezoni se je v pokrajini ob Muri čutila vsa napetost 2. svetovne vojne. Čeprav Jugoslavija še ni bila v vojni, so morali igralci Mure na orožne vaje, udeleževali pa so se tudi raznih vaj in predavanj za primere vojn.
