Sezono 1941/42 je zaznamovala 2. svetovna vojna in okupacija Prekmurja. 6. junija 1941 je v Mursko Soboto vkorakala nemška vojska, ki je 16. aprila 1941 predala oblast Madžarom. Muro so zelo hitro pomadžarili in ji kot prvi organizaciji v Prekmurju podelili zastavo madžarske revizionistične lige. 11. maja 1941 je Mura že igrala prvo tekmo pod madžarsko oblastjo in sicer proti madžarskemu bataljonu, ki je vkorakal v Mursko Soboto. 15. maja 1941 so Muro sprejeli v Madžarsko nogometno zvezo in ji kmalu dodelili igranje v južni skupini I. razreda severno podonavskega okrožja.
V celotni sezoni je Mura odigrala kar 41 tekem, kar je bilo največ v eni sezoni. 15 tekem je bilo prijateljskih, 26 pa prvenstvenih. Prvenstvo so zaznamovale velike razdalje med prizorišči, saj so Muraši velikokrat za potovanje na tekme in nazaj potrebovali dva dneva. Vsled tega je klub kmalu zašel v finančne težave, ki so jih reševali s pozivi prebivalstvu naj se vključi v klub in prispeva denar za delovanje kluba. Jesenski del prvenstva je potekal brez pretresov, dočim je spomladanskega zaznamovalo napeto stanje 2. svetovne vojne. Veliko tekem ni bilo odigranih in je bilo registriranih s 3:0, nekaj pa je bilo znova delegiranih. Prvenstvo se je zaključilo julija 1942. Mura je med 14. ekipami zasedla 12. mesto in se uspela obdržati v ligi.
V tej sezoni so za Muro igrali: Borovszky, Jože Bosina, Štefan Čagran, Ivan Debelak, Ljubomir Deškovič, Erdősi, Miloš Eržen, Jože Gerenčer, Koloman Gomboši, Heiszer, Ivan Hojer, Slavko Jandl, Ervin Kerčmar, Franc Kološa, Ludvik Krančič, Dušan Krstić, Vladimir Kukanja, Andrej Malačič, Rudolf Pevec, Puhan, Rozsnyai, Sarközi, Franc Schrimpf, Josip Šerbec, Janez Varhegyi, Dušan Veble, Franc Vlaj, Zadravec, Feri Zelko in Žibrik.
Občni zbor Mure je bil 21. februarja 1942, na njem pa je bil za predsednika znova izvoljen Josip Lipič. Podpredsednika sta postala Imre Mórocz in Pál Rostás. Klub je imel 235 članov, klubsko premoženje pa je bilo vredno 10.018,65 pengőv. Zraven nogometne sekcije je imel klub še teniško, šahovsko, plavalno in godbeno sekcijo. Klub je imel tudi odbor za turizem.
Klub ni organiziral veliko družabnih dogodkov. 20. avgusta 1941 je na dan Sv. Štefana pripravil športne prireditve. Mura se je pomerila z madžarskim drugoligašem Postásem, plavalci pa so dan prej merili moči z Nagykanizso. Klub je prisostvoval še množici dogodkov v počastitev Madžarske. 31. oktobra 1941 sta bila na dvorišču soboškega gradu obešena vidna člana Mure Evgen Kardoš in Štefan Cvetko. Oba sta bila pripadnika Osvobodilne fronte.
