Sezona 1942/43 je bila druga zapovrstjo, ki jo je Mura preživela pod madžarsko oblastjo in v madžarski ligi. Tekmovala je v Sombotelski skupini I. razreda Severno podonavskega okrožja in na koncu zasedla 5. mesto. Odigrala je 32 tekem, od tega 22 prvenstvenih in 10 prijateljskih oz. pripravljalnih.
Tekmovanje je zaznamovala pristranskost sodnikov in madžarskih klubov. Zaradi žaljivk in simpatiziranja z madžarskim moštvom so Muraši protestno zapustili tekmo 16. kroga v Zalaegersegu. Le-ta je nato epilog dobila na sodišču. V zadnji prvenstveni tekmi pa so igralci Mure na gostovanju ostali brez hrane in prenočitve, posledično pa se je njihov nasprotnik Papai z zmago izognil izpadu v nižji rang tekmovanja. Muro je v tej sezoni treniral dr. Gustzav Valent, ki je prevzel delo načenika nogometne sekcije. Na tem mestu je zamenjal Ludvika Nemca. Zraven prvega in drugega moštva je imela Mura v tej sezoni tudi mladinsko oz. levente moštvo ter old boyse. Mladi Muraši so prvenstvo osvojili brez poraza in prejetega zadetka.
Za Muro so v tej sezoni igrali: Barbarič, Bencik, Biczó, Borovszky, Bujtor, Štefan Čagran, Ljubomir Deškovič, Milan Deškovič, Erdősi, Miloš Eržen, Gereb, Jože Gerenčer, Ivan Hojer, Slavko Jandl, Ervin Kerčmar, Franc Kološa, Kovač, Krakszner, Dušan Krstić, Kubics, Vladimir Kukanja, Külič, Mirko Lah, lendvai, Josip Matuš, Nagyfi, Ösze, Papič, Puhan, Sarközi, Toth, Vertarič, Feri Zelko in Žibrik.
V tej sezoni lahko prvič zasledimo, da želi Mura zgraditi slačilnice in namakalni sistem. Za finančna sredstva je zaprosila Madžarsko nogometno zvezo. Ob koncu jesenskega dela so na večerji za potrebe članskega moštva zbrali 12 parov čevljev. Po koncu sezone je klub igralcem podelil srebrne in bronaste medalje. Marca 1943 je Mura prejela tudi plaketo Madžarske plavalne zveze za organizacijo plavalnih dni v Murski Soboti.
Klub je pripravil dva občna zbora, enega izrednega in enega rednega. Na izrednem so morali spremeniti statut v skladu z Madžarsko zakonodajo, na rednem pa je bil za predsednika znova izvoljen Josip Lipič.
Ob koncu sezone, junija 1943, je Mura v Murski Soboti gostila univerzitetni atletski klub iz Budimpešte. Pred 1000 gledalci je z rezultatom 4:2 zmaga ostala v Murski Soboti. V predtekmi sta se pomerili druga ekipa Mure in Beltinci. Zraven črno-belih dresov je Mura v tej sezoni pogosto nastopala v svoji rezervni opravi - češnjevo rdečih dresih.
