V sezoni 1946/47 je FD Sobota tekmovala z dvema ekipama, prvo in drugo. Prva ekipa je z Novim mestom igrala kvalifikacije za vstop v slovensko ligo in bila v dveh tekmah prepričljivo boljša, saj je dobila obe tekmi (2:3 v gosteh in 5:1 doma). Sobočani, ki so tekmovali z imenom Murska Sobota so slabo štartali v ligo, saj so izgubili prvih sedem prvenstvenih tekem. Boljše rezultate so dosegli proti koncu jesenskega dela prvenstva. Po jesenskem delu so med štirinajstimi ekipami zasedli dvanajsto mesto. V zimskem premoru je prišlo do fuzije nekaterih društev, zato je v ligi ostalo 11 moštev. Zaradi dolge zime in neugodnih vremenskih razmer ter posledično poznega pričetka tekem je vodstvo tekmovanja ligo razdelilo na dva dela - I. in II. skupino. Murska Sobota je bila uvrščena v II. skupino v kateri so bili še Polet, Kranj, Jože Gregorčič in Novo mesto. Zaradi nestrinjanja z delitvijo lige so v II. skupini vsa moštva razen Murske Sobote bojkotirala tekme in odstopila od tekmovanja, zato spomladanski del v tej skupini ni bil nikoli odigran.

Drugo moštvo je tekmovalo v Mariborskem okrožnem prvenstvu in med dvanajstimi ekipami zasedlo deveto mesto. Sobočani so jeseni odigrali le nekaj krogov. Bolj aktivno so se v tekmovanje vključili spomladi, ko so odigrali prav vse tekme. Zaradi incidentov, ki so se zgodili na zadnji jesenski tekmi prvega moštva je bilo igrišče na Fazaneriji zaprto vse do maja 1947. Druga ekipa je domače tekme igrala v Radgoni.

V tej sezoni je prišlo do menjave generacij. Starejši igralci so se poslovili, priložnost pa so dobili mladi igralci. Za FD Sobota so med drugim igrali Bavčar, Vincenc Bencik, Štefan Čagran, Karel Fujs, Hegediš, Slavko Jandl, Franc Kološa, Aki Norčič, Slavko Svatina in Feri Zelko.

Predsednik društva je še naprej ostal Milan Šušteršič. FD Sobota ni gojila le nogometa, temveč tudi košarko, plavanje, šah, v Murski Soboti so pripravili moto dirko, smučarsko tekmo po ulicah Murske Sobote in propagandni boksarski dvoboj.