Pred začetkom sezone je bil v funkciji predsednika kluba izvoljen Ervin Kutoš. Trener prvega moštva pred sezono 2008/09 postane stari znanec kluba Slobodan Djurić. V drugi polovici sezone Djurića zamenja še en povratnik in sicer Boris Radoš. Mura tekmovanje v 2. SNL konča na 4. mestu.