Z osamosvojitvijo Slovenije je prišlo do spremembe tekmovalnega sistema. Ustanovljena je bila prva državna nogometna liga, ki je štela kar 21 klubov. Med tremi prekmurskimi moštvi je v prvi državni ligi tekmovala tudi Mura in bila boljša od ostalih prekmurskih klubov - beltinskega Potrošnika in lendavske Nafte - ter zasedla 7. mesto na lestvici. Iz lige je izpadlo pet moštev. Poleg Maribora, Kopra, Izole in vsaj delno Ljubljane, kjer je prišlo do velikega navijaškega "buma" že pred sezono 1991/92 , saj so ljubitelji nogometa naenkrat začeli 100-odstotno navijati za klube iz svojega kraja oziroma regije, ne pa več za v glavnem klube t. i. velike četverice (Crvena zvezda, Partizan, Hajduk in Dinamo), so se pričeli navijaško in nogometno prebujati tudi v ostalih krajih po Sloveniji, med drugimi tudi v Murski Soboti. Zelo kmalu sta postala znana med ljubitelji nogometa v Sloveniji Murska Sobota kot kraj in Pomurje kot regija z velikim številom navijačev/simpatizerjev. Mura se je ves čas v vsakem prestopnem roku krepila z znanimi in kvalitetnimi nogometaši, tekme Mure so bile zelo dobro obiskane in v skoraj vseh sezonah je Mura zasedala mestva pri vrhu lestvice. Leta 1995 je članska ekipa Mure postala pokalni prvak Slovenije, mladinska ekipa pa tako pokalni kot državni prvak. Članska ekipa Mure žal ni izkoristila priložnosti, da bi postala tudi državni prvak. Ne glede na to pa jo zaradi že naštetih značilnosti ljubitelji nogometa v Sloveniji še vedno priznavajo kot enega največjih klubov v državi, čeprav je od leta 1991 v klubskih vitrinah samo en pokalni naslov.