V tekmovalni sezoni 1959/60 je bil Feri Maučec ponovno najboljši strelec slovenske nogometne lige s 26. goli. V tej sezoni sta bila na pripravah v Murski Soboti jugoslovanska prvoligaša, Beograd in zagrebški Dinamo. Odigrala sta prijateljski tekmi z reprezentanco Pomurja. V naslednjih sezonah je Sobota tekmovala v slovenski nogometni ligi s spremenljivimi uspehi. Na letnem občnem zboru leta 1965 se je klub preimenoval iz Sobote ponovno v Muro. Eno pomembnejših vlog v slovenski nogometni ligi je Mura odigrala v tekmovalni sezoni 1966/67, ko je osvojila drugo mesto. Svoj največji uspeh po drugi svetovni vojni je Mura dosegla v tekmovalni sezoni 1967/68, ko je prvič postala jesenski prvak v slovenski nogometni ligi. Na koncu tekmovanja je zasedla drugo mesto in se uvrstila v jugoslovansko drugo zvezno nogometno ligo zahod. Igralec Mure Rebrica je bil drugi najboljši strelec slovenske nogometne lige z 22. goli, Kukanja pa tretji z 19. goli. Prvo leto tekmovanja v drugi jugoslovanski ligi zahod je Mura osvojila zadovoljivo 13. mesto, vendar pa je iz prve jugoslovanske lige v drugo ligo zahod izpadli Rijeka, istočasno pa se Orijent in Borac nista uvrstila v prvo jugoslovansko ligo. Posledično je Mura izpadla iz druge jugoslovanske lige zahod v prvo slovensko ligo.