Obdobje od 1940 do 1949 je bilo eno najtežjih v zgodovini Mure. Na eni strani madžarska okupacija ter nogometna in življenjska negotovost, na drugi strani pa osvoboditev in novo upanje. Za razliko od ostalih območij v Sloveniji se je nogomet v Murski Soboti ves čas igral in ni nikoli zamrl.

Zadnja sezona, ki so jo Muraši odigrali v predvojni Jugoslaviji je bila 1940/41. Mura je tekmovala v I. razredu mariborske skupine vzhod, prvenstvo pa je bilo zaradi vojne predčasno zaključeno. Zadnjo tekmo so odigrali 30. marca 1941 proti ptujski Dravi. Nogomet je nato zamrl dober mesec dni in že 11. maja so Muraši odigrali prijateljsko tekmo z madžarskim bataljonom. Kmalu so postali člani madžarske nogometne zveze in se vključili v prvenstvene dvoboje. Tekmovali so v južni skupini I. razreda severno podonavskega okrožja, kar je hierarhično gledano 4. liga. V tej ligi so tekmovali tri sezone, zadnje leto vojne pa se jim je po reorganizaciji tekmovanja uspelo uvrstiti v drugo madžarsko ligo. Zaradi vojne je bilo prvenstvo po 8. krogih predčasno prekinjeno, Mura pa je zasedla deveto mesto.

V obdobju vojne je imela Mura zelo solidno ekipo na čelu z vratarjem Jandlom, Deškovičem, Kukanjo, Gerenčerjem, Kološo, Zelkom in z nekaj mladimi igralci kot so Klajnšček, Klepec, Vrtarič in vratar Bencik. Večina starejših igralcev je leta 1946 prenehala z igranjem, zadnje leto vojne pa jih je bilo precej tudi aretiranih in poslanih v taborišča.

Takoj po vojni je komunistična oblast reorganizirala klube in prepovedala ime Mura. Leta 1945 so Muraši za kratek čas igrali pod imenom Svoboda, leta 1946 pa je nastala Sobota. Sezona 1945/46 je bila v celoti odigrana spomladi 1946, Sobota pa je tekmovala v Mariborskem okrožju in se ji ni uspelo uvrstiti v zaključne boje za slovenskega prvaka. Sezono pozneje so tekmovali v Slovenski ligi in izpadli v II. razred v katerega so se znova uvrstili v sezoni 1948/1949.

Leta 1944 so bile zgrajene znamenite slačilnice na vzhodni strani stadiona, večji del denarja pa je prispeval nacionalni športni center Madžarske.

Do konca vojne je bil predsednik Mure Josip Lipič, ki ga je povojna oblast skupaj s soboškim podjetnikom Josipom Benkom ustrelila na soboškem pokopališču. Po vojni je predsednik postal Milan Šušteršič. Mura je ves čas gojila različne športne panoge, kot so nogomet, šah, namizni tenis, plavanje itd.